Khoa Công nghệ Sinh học hiện có 04 Bộ môn trực thuộc bao gồm:
- BM Công nghệ Sinh học
- BM Công nghệ Thực phẩm
- BM Khoa học Thủy sản
- BM Hóa Ứng dụng
- BM Kỹ thuật Hóa học